Si te entendí bien, sí. Por ejemplo:
Código HTML:
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<!-- incluir la función -->
<script type="text/javascript" src="lib/phpjs.org/include.js"></script>
<!-- tu script -->
<script type="text/javascript"> // tu código
if(condicion) {
include('la_ruta_del_script_que_quieras_incluir.js');
} else {
include('la_ruta_de_otro_script_que_quieras_incluir.js');
}
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$.getScript() de jquery, aunque si es para estudio es más clara la de phpjs.org
Saludos.