¡¡que bueno !! me pongo con ello a ver como sale.
Para diferenciar los archivos tengo pensado nombrarlos en el momento que se crea el zip con un nombre aleatorio y luego utilizar unlink haciendo referencia al mismo.
Para los ficheros que se vayan quedando colgados me parece mas ajustado la solución de asignarles un tiempo de vida, aunque no se todavía como debo hacerlo.
La solución de eliminarlos cuando se cargue la página no se si podría eliminar algunos ficheros que otros usuarios estén a punto de descargarlos..
Gracias