Desconozco lo que estas haciendo, pero el bajar toda la BDD a objetos es una pésima idea, la carga de memoria y la lentitud que va a tener tu sistema es abismal.
Si estas usando Doctrine, por que no usarlo como debe de hacer, para eso tienes el DQL, y dejar que sea Doctrine que hidrate tus objetos como los necesitas, y los filtres como los necesitas.
Creo la forma que lo implementaste le quitaste todo el beneficio de Doctrine, ya que básicamente por lo que dices estas haciendo esto:
Código PHP:
Ver original$sQuery = "SELECT * FROM foo";
$aObjs[] = new MyObj($row);
}
// y despues filtras
Debes de filtrar usando DQL, y usar las mismas funciones de DQL para obtener el total, paginar, etc.
Tener todos los objetos en memoria siempre te va a ocasionar ese problema, por lo que para reparar tu problema, debes de replantear todo tu sistema, no solo aumentar el límite de memoría.
Saludos.