como crear estructura carpetas en servidor

[trevol]

Hola amigos, resulta que tengo una web alojada con arsys y a la hora de subirla me gustaría mantener la estructura de carpetas que tenia cuando la veía en local, pero no se como hacerlo, el servidor de arsys me da varias carpetas ya hechas y parece que pone como condición que la web esté en una de ellas. Siendo así no se como puedo mantener la estructura de la web para que se vea bien como en local. Me podrían ayudar, gracias.

pd: uso filezilla para subir archivos, la web esta en php.