Si quieres asegurarte (y para hacer backup de permisos NTFS en general), puedes echar mano de las siguientes herramientas (que te permiten hacer scripting para ejecutar en modo batch)... Dos formas:
1.-
SubInACL, herramienta de Microsoft que te permite manipular ACLs, DACLs y SACLs (vamos, todo tipo de permisos NTFS)
El script NTFSBKP, que hace uso de subinacl, te permite copiar permisos de carpetas:
NTFSBKP unidad-o-carpeta-origen carpeta-destino BKP|RST
Puedes bajarlo de aquí
http://www.ntfs.com/ntfs-permissions-appendix.htm
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2.-
usar icalcs:
icacls d:\carpeta /save permisosntfs.txt /t /c
(/t para permnisos de subcarpetas tambien y /c para continuar incluso si se detecta algun error)
Recuperas con:
icacls d:\ /restore permisosntfs.txt
OJO: icalcs guarda paths relativos de carpetas... Por eso la carpeta "carpeta" (de la que haces copia de sus permisos) NO se debe poner al recuperar (debe existir bajo el path que usas para recuperar), de lo contrario intentará restaurar en d:\carpeta\carpeta (es decir, en el ejemplo anterior NO PONER icalcs d:\carpeta\restore blablabla)