Errores en file.php y fileoutput.php

[rojobe]

Hola a todos, aquí nuevamente, tratando de sacar el gusano pero no lo logro, ahora, luego de arduos días de trabajo buscando y buscando en todos los archivos, recurriendo a copias de seguridad (también infectadas) y creyendo que ya lo tenía, este nuevo mensaje:

Fatal error: Class 'JApplication' not found in /home/jy000104/public_html/libraries/joomla/factory.php on line 46

cuya linea 46 es:
$instance = JApplication::getInstance($id, $config, $prefix);

que está dentro de esta función:

function &getApplication($id = null, $config = array(), $prefix='J')
{
static $instance;
if (!is_object($instance))
{
jimport( 'joomla.application.application' );
if (!$id) {
JError::raiseError(500, 'Application Instantiation Error');
}
$instance = JApplication::getInstance($id, $config, $prefix);
}
return $instance;
}

Alguna idea de por donde empezar a buscar?????

Saludos cordiales.