Ok, encontre la solucion:
Código PHP:
import java.util.Scanner;
public class Tidomvandlare {
public static void main(String args[]) {
Scanner input = new Scanner(System.in);
System.out.println("Ingresa hora separado por :");
input.useDelimiter("[:\\s]"); <========== Aqui estaba el problema
System.out.println(input.next());
System.out.println(input.next());
System.out.println(input.next());
}
}