accediendo a mysql por DOS!

[quimfv]

Escribe un fichero de texto con las querys que quireas ejecutar y lo guardas con extension .sql y luego ejecutas, si el archivo se llama consultas.sql

mysql -h localhost -u root < consultas.sql

tienes un error de concepto, no estas ejecutando des de DOS, como tu dices, si no desde una consola de MYSQL.

mysql -h localhost -u root <---con esto estas pasando de una consola de sistema a una de mysql por eso deja de mostrar c:\... y aparece %mysql

al agregarle el nombre del archivo.sql le indicas lo que debe hacer una vez dentro de la consola mysql...

No se indicarte como debes sincronizar la ejecucion de las querys y las operaciones de sistema que debas ejecutar cuando estas terminen...