Mira, no se si cambiaste las cosas como te dije antes, pero en el primer código que posteaste colocaste esto:
En funcion.js
Código:
Ajax.open("get","recuperar.php?numero=" + dato, true);
y en recuperar.php
Código:
$consulta="select * from prueba where id=".$_GET['codigo']." ";
Te das cuentas que estás enviando una variable llamada "numero", pero en recuperar.php estás intentando recibir una llamada "codigo"?, por que obviamente deben tener el mismo nombre.
Con eso corregido deberías poder llamar y recibir a menos una respuesta existosa desde recuperar.php. Ve eso primero y luego intenta corregir lo de los intervalos. Si ya lo corregiste avisa.