para responderte bien..... entonces formula bien la pregunta..... tu hablas de un servidor..... cuando no existe como tal, trabajas bajo un grupo. Con win 2000 profesional (por lo que entendi en tu otro post)
Ahora bien si lo que quieres es solo proteger una carpeta basta con ir a propiedades de la carpeta vas a la pestana general y ahi haces click en avanzados y selecciona critografar contenido para la proteccion de los datos.
ps. esto solo se puede si tienes particion NTFS