Lo que te recomiendo es que estructures bien tus tablas, de preferencia debes de tener un campo único para crear este tipo de procesos.
Pero También lo puedes resolver mandando el valor anterior del campo por ejemplo
Código PHP:
Ver originalUPDATE pro_dep SET existencia='$existencia' WHERE id_producto=$id_producto AND id_departamento='$id_departamento' AND existencia='$valor_anterior' ";
Saludos