porque no me cambia los datos de mi funcion

[refreegrata]

El archivo recuperar.php de ninguna manera podrá quedar esperando más parámetros para devolver una respuesta pausada. Recibe parámetros, procesa, devuelve la respuesta y termina su ejecución. Si lo llamas otra vez se ejecutará todo de nuevo, por esto deberás dar parámetros adicionales (por GET o POST) de forma que no siempre devuelva la misma respuesta.

Sin consideraciones de velocidad, comprobación de la conexión, parámetros incorrectos u otros factores, podrías hacer algo como:

Código:

function objetoAjax()   {
...
}
 

var dato, offset, procesamiento = null;

function limpiar(){
	try { window.clearInterval(procesamiento); }catch(e) {}
	offset = 0;
	procesamiento = null;
	dato = null;
}

function pedir_auxiliar() {
	var Ajax = objetoAjax();
	Ajax.open("get","recuperar.php?codigo=" + dato + '&offset='+offset, true);
	Ajax.onreadystatechange = function() {
		if (Ajax.readyState == 4 && (Ajax.status == 200 || Ajax.status == 501)){
        		var retorno  = eval(Ajax.responseText);
			if(retorno == null) limpiar();
			else	MostrarRegistros(retorno);
		}
	}
	Ajax.send(null);
	offset +=2;
}

function pedir(seleccion) {
	limpiar();
        dato = seleccion;
	procesamiento = window.setInterval(pedir_auxiliar,4000);
}

function MostrarRegistros(numero){
    ...}

Es decir, declarar variables globales e iniciar un nuevo intervalo cada vez que se llama a pedir.
También deberás pasar un parámetro adicional a recuperar.php (en este caso offset) para que este sepa en que parte del ciclo vas.

Por último deberás definir una bandera a retornar por recuperar.php (en este caso null) para así saber en funcion.js cuando detener el intervalo.

En recuperar.php, obviamente, deberás filtrar la consulta con LIMIT y OFFSET (según el parámetro nuevo).