buenas,
como bien has recalcado, el problema esta en que la aplicación esta considerando las etiquetas LI de forma general. no se cual de los dos aspecto sea, si del jquery o css. en fin, lo que debes hacer es ser más específica en la selección de elementos. es decir, si por ejemplo el css define propiedades para elementos LI, tienes que proveer selectores más específicos como un id para un elemento contenedor. ul#slider li podría ser un ejemplo y luego asignarle el id al elemento UL. si el problema es desde jquery, supongo que más o menos es la misma solución. ojo, la estructura html también es importante. no deberías agregar el menu dentro del slider ni viceversa.
