como ser, pueden ser varias
Primero, si usaste las carpetas por defecto, estás seguro que tu DOCUMENT_ROOT no es /var/www/htdocs y no /var/www ?
Después iria haciendo algunas pruebas, si tu
<php
echo "Hola";
?>
funciona en /
crea un archivo
index.php con
<?php
echo "Hola index";
?>
a ver si lo ejecuta, después, crea una carpeta en /, ej:
/extra
y en /extra un archivo extra.php
<?php
echo "hola extra";
?>
a ver como que pasa.
Verificá despues el funcionamiento de .htaccess
en / poné un .htaccess con
Options -Indexes
DirectoryIndex xxx.html
No crees ese archivo, y trata de acceder a /, que debería tirarte un error 403
si, lo hace, cambiá el -Indexes por +Indexes y fijate si te lista el directorio /, si no lo hace seguramente no tenes AllowOverride All en tu httpd.conf
El phpmydadmin, si se te ejecuta php, debería correr, puede que los archivos no se hallan descargado correctamente.
Si tu echo "Hola" lo podes ver, es de suponer que la directiva
AddType application/x-httpd-php .php en alguna parte la tenes puesta.
hacé esas pruebas y mostrá los resultados
Saludos