Pasa que el ejecutar de Notepad++ sirve prácticamente sólo para archivos HTML. ¿Por qué? Porque el ejecutar te lleva a la ruta del archivo en el sistema y no del servidor:
C:/appserv/www.... <-- Sistema
http://localhost <-- Servidor
Por cierto, ¿No es más facil abrir la URL en Firefox y de ahí refrescar cada cambio? Es lo que hago yo y creo que la mayoría también.
Saludos