Como evitar accesos directo a archivos del servidor?

[LhaN]

Pasa que no hago include, directamente el script php encargado de generar la pagina, carga el código desde las otras paginas sin usar include, leyendo el archivo. El contenido de varios archivos (php, html, css) queda almacenado en una variable a la cual le hago un eval($pagina). No estoy trabajando con programación estructurada, sino basándome en mvc, y orientado a objetos.