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Iniciado por Datacenter1 
Tu MySQL parece tener que escribir demasiado a disco y esto está matando el rendimiento
Lo primero haz un mantenimiento completo de la base de datos y los siguientes datos del top sugieren que estás quedandote corto de memoria y i/o (lecturas y escrituras en disco)
Mi sugerencia es que contrates algún servicio de optimización
Gracias por contrestar! Parece que al hacer el cambio de web las consultas cambiaron levemente y habia unas dos o tres que no tenian los indices en la tabla bien colocadas.
Una vez corregido el problema, parece que la web funciona muy rapido.
Al final tambien ampliamos en el my.cnf mas memoria y la adecuamos a las 4Gb que posee el servidor.
La verdad es que no creía que dos o tres indices pudieran darnos tantos problemas!!
Un saludo!