Hola, Axo.
No estoy seguro de haber entendido bien tu duda, pero ¿podría ser algo así?
Código PHP:
<html>
<head>
<script>
var total=0;
function sumar(chk,valor) {
if (chk.checked)
total+=valor;
alert(total)}
</script>
</head>
<body>
<input type="checkbox" onClick="sumar(this,3)">
</body>
</html>
Saludos,