Se debe a URI, que hace encoding en UTF-8 y el tomcat al hacer el decoding lo trata com ISO por defecto.
Debes cambiar el URIEncoding en el connector del server.xml, ademas de otras cosas, como un filtro UTF-8 por donde pasen todos los request al servidor.
Hace poco que nos paso en la empresa (fallo de diseño inicial del proyecto, planteado en ISO, comedero de cabeza 6 meses despues), y lo solucione siguiendo este articulo:
http://www.adictosaltrabajo.com/tuto...ina=tomcatUTF8
Si tienes alguna duda pregunta, un saludo!