Mas información!
Me he dado cuenta que en los procesos de la base de datos, el status es "Copy to tmp table"... Si "mato" a este proceso, el % de CPU baja hasta niveles normales.
De momento he creado otra base de datos y he pasado todos los registros. Lo voy a dejar unas horas a ver que tal funciona. Si tenéis idea de que puede ser...
Un saludo!