Bueno, después de investigar un poco, me da la sensación que nos están atacando a la base de datos.
En el momento que volvemos a activar la base de datos, se llenan de procesos inmediatamente, y parece que hacen alguna copia al "tmp" ( o eso es lo que pone ).
De momento he cambiado el password y además voy a copiar toda la información a otra base de datos, con otro usuario y otro password.
Que mas puedo hacer ? Y si no es eso, puedo optimizar el my.cnf ?
Gracias!
Un saludo!