Mi php.ini hace lo que le da la gana??

[kitune]

Estoy probando un script para subir archivos, un upload de toda la vida.

El tema es que necesito cambiar algunas reglas para los tamaños de los archivos, asi que pongo un php.ini personalizado en el raiz. Ejecuto un phpinfo() en ese mismo nivel y perfecto, muestra lo que he puesto yo y el archivo se sube sin problemas.

Ahora bien, meto el script de subida upload.php dentro de una carpeta, en lugar de raiz como estaba antes, y por alguna razón pasa olimpicamente del php.ini y no sube los archivos.

Si coloco ese mismo php.ini dentro de la carpeta donde está upload.php funciona sin problemas.

Tenía entendido que si pongo un php.ini en raiz afecta a los subdirectorios, no? O hay alguna regla que tenga que activar? muchas gracias.