Lo de Apache Manager lo tenía claro, solo lo puse para ejemplificar el proceso que quiero.
En cuanto a C

no se!! y es una lastima.
Si, efectivamente lo quiero llamar en segundo plano, pero php.exe CLI no es una aplicacion DOS, abrilo con el bloc de notas y fijate que dice "this program cannot be run in DOS mode".
Me parece bárbara tu idea, movelo para programacion.
Gracias!