buenas,
la última parte no la comprendi bien, el lio del *.js. de todos modos, algo que puedes hacer es tener la instancia actual en una variable local de tu clase. luego, cuando creas el botón, asignas el evento y la invocación la realizas a partir de dicha variable que contiene la instancia.
Código:
function Class(){
var that = this;
// creas el boton, asumiendo que button es el boton;
button.onclick = function(){that.cerrar();};
}