Hoy por hoy Indesing y QuarkXPress es lo mejor de lo mejor para la edición editorial, pero si quieres algo open source puedes probar Scribus.
Mira los que te pasa que tienes las paginas a doble cara con lo que la primera te la deja en blanco aunque tú no la crees, y es porque la necesita al momento de darle página siguiente, con lo cual tus opciones son la quitarles el facing aquí. Y lo que puedes hacer es cambiar el color de fondo de la página web para que compagine con tu revista y la portada te salga en el medio.
También lo que puedes hacer es la de ordenar los pliegos liberando las paginas para poder reordenarlas de esta forma.
O también puedes dejar las paginas es una sola quitando el spreads al momento de la exportación, aunque yo me quedaría con la primera opción espero haberte ayudado.
