Psss la formas menos adecuada pero mas rápida seria con subconsultas, algo como esto:
SELECT * from
(
(SELECT * FROM sub where entidad='A' order by chequeo desc limit 1)A,
(SELECT * FROM sub where entidad='B' order by chequeo desc limit 1)B,
(SELECT * FROM sub where entidad='C' order by chequeo desc limit 1)C
);
espero te sirva, deja karma jaja