Si usas All in one SEO seguramente te ocurre eso porque carga después que tu condicional, revisa las opciones por si puedes excluir allí alguna categoría, que así de memoria no sé decirte.
En robots.txt puedes bloquear cualquier categoría, supongo que exactamente igual que cualquier directorio, más o menos así
Código:
User-agent: *
Disallow: /category/categoria-a-bloquear/