Entiendo. Pero entonces ya tendrías todo resuelto, no? Porque si usás en todos los scripts el mismo espacio de nombres e incluís los tags script con document.createElement (no domino jQuery) y les asignás un id para removerlo antes de cargar uno nuevo y nulifícás el espacio de nombres antes de eliminarlo (o lo sobreescribís con el nuevo script), y si hacés lo mismo con los elementos link correspondientes a tus estilos css (remover los viejos elementos link antes de cargar los nuevos), qué duda te quedaría entonces?