Hola que tal.
Para la acción que deseas hacer debes de modificar el php.ini en el parámetro de max_execution_time o si te es más eficiente lo puedes generar desde el código php colocando esta línea el principio de tu script para que omita el tiempo máximo de ejecución, toma en cuenta que php genera los procesos en forma secuencial y por eso tarda demasiado, puedes buscar un script para simular hilos en php, ya que con este proceso será más rápido
Saludos