Buenas,
La diferenciación la tienes que hacer en el value. Cuando un checkbox está activado se envía su value. Luego si pones:
Código PHP:
Ver original<input type="checkbox" name="estado[]" value="1">
<input type="checkbox" name="estado[]" value="2">
<input type="checkbox" name="estado[]" value="3">
<input type="checkbox" name="estado[]" value="4">
Y marcas el segundo y el tercero, se te enviará un array con dos posiciones (0 y 1), pero cuyo contenido será:
estado[0] = 2
estado[1] = 3
Un saludo.