con respecto a tus activos (
assets o imagenes, js, css y demás) tienes que evaluar el nivel de uso en cada una de tus páginas, por ejemplo si un css es utilizado por más de una página es obvio que debe estar en un archivo aparte para ser reutilizable, lo mismo aplica para js
¿y para que complicarse tanto? estructura sencilla: una carpeta js, una css y otra images, etc.
con respecto a los archivos PHP depende de como estructuraste la funcionabilidad, lo común en desarrollo
PHP plano estructurado es tener un
include global que incluya todas las librerías necesarias.
en desarrollo
PHP POO lo común es usar un
autoload, y trabajar con un FW de desarrollo orientado al MVC (u otras técnicas) hacen la tarea más simple