Hola Dante14..
La verdad soy algo nuevo en el codigo php y no entiendo bien ese tipo de
sitaxis que tu usas..
pero para lo que quieres seria bueno poner un if en cada chekbox
algo asi
Código PHP:
Ver original<input type="checkbox" name="data[<?php echo $i; ?>][codigo_almacen]" value="<?php echo $one -> ALMA_CODI; ?>" <?php if($producto-x==$producto-de-tabla){ echo "checked";}?>/>
Espero te sirva de algo y si no es lo que busca por favor da mas informacion!!
y veremos.