Perdonad por no responder antes, estuve algo ocupado. Muchas gracias a todos por vuestras respuestas pero probando y buscando durante bastante rato lo conseguí. Os dejo el código por si os es de utilidad:
   Código HTML:
 <span id="ftppass_span">
<input type="password" name="ftppass" value="" class="blue">
</span>	
					
<input type="checkbox" name="ver_ftppass" value="ver" onclick="ocultarFTPPass();" checked> Ocultar
 
Código:
 function ocultarFTPPass() {
    var ftppass_valor = document.formordera.ftppass.value;
 
    document.getElementById('ftppass_span').innerHTML
        = (document.formordera.ver_ftppass.checked)
        ? '<input type="password"     name="ftppass" value="" class="blue">'
        : '<input type="text" name="ftppass" value="" class="blue">'
        ;
 
    document.formordera.ftppass.value = ftppass_valor;
}
  No es setattribute pero me sirve perfectamente para lo que lo necesito.