Tendrias que cambiar la forma en que estas trabajando, de forma que el index.php no sea una vista (al menos eso parece), sino el controlador primario:
1. Determinas lo que se va a hacer de acuerdo a los parametros en URL
2. Cargas el controlador correspondiente
3. Verificas si se va a procesar un formulario y debe haber redireccion o mensaje de error
4. Estableces los valores de variables para la plantilla general del sitio (title, meta, scripts, menus, etc.) y para la vista (si se requieren)
5. Incluir la vista
De hecho, en el enlace que proporcionaste, hay una imagen que es muy similar a lo comentado:
Imagen (por si no se ve).
La unica diferencia seria lo que ellos ponen como "Plantilla" + "Logica de la vista" es el controlador del modulo.