Tal vez tu versión de CS3 no te deja, pero CS5 sí permite seleccionar diferentes objetos en una página para transformar su contenido. Claro esta, esto no se puede hacer en TODAS las páginas al mismo tiempo. Tiene que ser una por una.
Otra cosa es que tal vez tu problema se haya resuelto en la última versión de CS5 Bridge con CS5 InDesign.