Pues me respondo yo mismo por si a alguien le sirve, ya que he encontrado la solución.
Añadiendo las siguientes lineas en nuestra página:
Código HTML:
Ver original<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript"> jQuery.noConflict();
var $j = jQuery;
Y usando, cada vez que usemos jQuery, $j en vez de $.
Así se acaban los problemas de compatibilidad del plugin ModalBox con jQuery.
Un saludo a todos.