malas noticias, no hay tal programa. No seria capaz de identifivar donde quieres el corte,osea no lee tu mente.
y si fuera todo automatico imagínate no hubiera editores o escuelas quitandoles su dinero a la gente que se la pasan estudiando años enseñandoles como hacer cortes
te puedo recomendar un programa con el que grabes todo sin necesidad de estar ahi pegado y sin que te consuma tanto recurso en tu maquina. ya despues con otro pones las marcas de pista y guardar por separado.
que sistema operativo tienes?
si es el de la manzaña mocha ya hubo problemas, no tienes de donde escoger