Comprueba si tienes algún error en tu código, es decir lo que envías a "imprimir" Que estén todos los tags cerrados, como los <div> etc. Si hay errores no te generará el pdf correctamente.
También puede ser referente a la memoria, aunque en dicho caso debería mostrarte un error salvo que los estés ocultando.
Código PHP:
ini_set("memory_limit","128M");
O bien son ambas cosas.
Un saludo.