Cita:
Iniciado por Libras 
con algunos datos de ejemplo de tus tablas y la estructura de las mismas estaria perfecto para ayudarte :)
Saludos!
Ok haber si puedo, primero que nada estoy usando 3 tablas como pueden ver en el query de mas arriba:
una de la tablas guarda la info de los usuarios Tabla User info donde ademas del ID tengo el nombre el apellido a que departamente pertenece etc. etc.
otra tabla Deparments guarda la info de los departamentos, ID nombre etc. etc.
y la ultima y mas importante es la tabla Checkinout, la cual guarda el id del usuario a que dia y hora entro o salio, por que id de dispositivo fue, la ip del dispositivo y algnuos datos mas que no tienen uso para esto. Y es en esta en la que los registros se estan guardando por duplicado.
Saludos.