En cuanto a imprimir todas las etiquetas, a mi personalmente no me gusta. Hace el código difícil de leer y aparte se ve mejor de la forma que lo expones, solo que yo uso la sintaxis alternativa para los bucles y condicionales, es decir:
Código PHP:
<?php foreach($algunosDatos as $fila): ?>
<tr>
<?php foreach($fila as $dato): ?>
<td><?php echo $dato; ?></td>
<?php endforeach; ?>
</tr>
<?php endforeach; ?>
Ahora vamos al tema realmente importante. Depende de lo que quieras hacer con tu aplicación. Al PHP ser lenguaje del servidor y Javascript del cliente no se pueden hacer muchas comparaciones y no creo que muchos hayan hecho comparaciones de rendimiento entre ambos.
Si mi aplicación requiere dinamismo, es decir, tal vez la data que quiera mostrar venga de una llamada asíncrona (mediante AJAX) entonces es probable que renderice la tabla con JS. También se podría con PHP y solo insertar el código con Javascript pero todo depende.
De todas maneras, muchas veces es preferible (a mi entender) imprimirlo directamente desde PHP en vez de hacer una llamada asincrona para obtener esos datos y luego organizarlos.
Miralo de esta manera: si lo haces con PHP, es obtener los datos e imprimir las etiquetas y ya, mientras que con AJAX, tienes que primero esperar que el interprete de PHP interprete cualquier codigo que hayas escrito, luego cuando eso se renderice, el navegador del cliente se encargaria de llamar a un script, en PHP (nuevamente), para obtener los datos, los recibes y luego organizas con DOM. Definitivamente es mas facil (y mas factible en ese caso) hacerlo directamente, ya que al final como quiera terminas haciendo una llamada a PHP para que te devuelva los datos.