Buenas,
Es un asunto peliagudo el que propones. Una opción en
SendGuard, no lo he llegado a probar, pero si un amigo y me comentó que funciona bien, pero tienes que tener acceso al servidor, ya que tienes que modificar algunas cosillas y creo que añadirle una extensión (no estoy muy seguro).
Otra opción que tienes es codificar el código con algún sistema de encryptación y crearte una rutina que acceda al código encryptado, lo desencrypte y luego lo pase por
eval, pero igual que puedan acceder al código libre, podrán acceder al cifrado y si no son muy tontos podrán descifrarlo. Además, con eval, tienes una pérdida de rendimiento considerable.
No sé si te servirá alguna solución, pero no se me ocurre nada más, no creo que se pueda hacer mucho más. El tema es que PHP no se puede subir en binario, ya que se compila en cada ejecución.
Un saludo.