Hola:
Si el problema está en la navegación, la respuesta es muy sencilla, y no hace falta mucha documentación...
Debes primero crear tu página con enlaces normales, y las peticiones Ajax hacerlas con el evento asociado, que a la vez debe cancelar el enlace.
Cuando pones:
<a href="destino.php">destino</a>
... puedes convertirlo a un enlace Ajax con: onclick="return enlaceAjax(this.href)"...
Aunque en la respuesta Ajax deberías usar otras cabeceras (sin head... o con código estructurado en XML)
Hablo un poco del tema en este apunte:
¡Mitología!, ¡Fútbol!, ¡Web!...
Saludos :asrriba: