Saludos!
Antes de explicar lo que sucede, sería bueno que te empaparas bien del tema de los Doctype y supieras bien para que sirve cada uno. En este caso especifico, no existe un "Mejor Doctype" que otro, sino que cada uno es adaptado para lo que lo necesitas o sabes.
XHTML transitional y XHTML strict son dos cosas diferentes. Entre estos temas tambien te recomiendo que busques estándares web y lo más importante: No te dejes guiar por todo lo que encuentres. Crea tus propios fundamentos y tu propia forma de trabajo y siempre que salga una noticia, comparalo con lo que la W3C dice. Es bueno leer, investigar y saber que están diciendo otros webmasters del mundo, pero también es bueno tener tu propio criterio.
Te dejo este link para que te empapes más del tema.
Recommended list of Doctype declarations
Hasta Luego!
