Hola me imagino que usas esto:
Código PHP:
<?php include("menubox.php"); ?>
para el combo equipo 1 y el combo equipo2, si es asi solo te cargara el combo de equipo1 y es logico por que usas solo una consulta y cuando haces el primer include ya recorrio todos los registros y tu segundo include estara vacio.
Saludos.