Puedes usar la función MOD --> %
Código PHP:
<table>
<tr>
<?php
$colorfila=0;
while($salida = mysql_fetch_array($resultado)){
$color = ($colorfila % 2 == 0) ? "#DEDEBE" : "#F0F0F0";
$colorfila++;
echo "<td bgcolor='".$color."' class='equipos' style='width:50px;'>".$salida[1]."</td>";
}
?>
</tr>
</table>
Por cierto tal y como lo tienes eso no cambiaría el color de una "FILA" sino de las "COLUMNAS"... pero la idea es la misma