Pones el contador a 1, lees una línea, y si el contador es 1, vuelves a leer otra línea (la 2), así que a la X le estás asignando el valor de Y, y a Y nada ya que no hay más líneas.
Si solo vas a usar dos variables, podrías usar un properties
http://www.bibigeek.com/2010/02/01/j...os-properties/