Eso es porque he estado leyendo este minitutorial http://net.tutsplus.com/tutorials/html-css-techniques/html-5-and-css-3-the-techniques-youll-soon-be-using/ y lo usan segun pone en el comentario del css "para decirle al navegador que lo renderize como un bloque"
Gracias por los links, por cierto, he resuelto lo del section con el borde negro cambiando id="intro" por class="intro"