Encontre la solucion yo.
La posteo por si a alguien le surge el problema.
Cuando en la expresion regular utilizo (.+) el signo + significa que tiene que haber uno o mas caracteres. Por eso no eran evaluadas aquellas donde habia cero caracteres. La solucion fue utilizar * en vez de +.
La expresion quedaria asi:
Código:
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine on
RewriteRule ^(.*)/$ $1.php
RewriteRule ^(.*)/categoria-(.*)/$ $1.php?cate=$2
Un saludo