buenas,
si el DIV lo creas y agregas al documento con javascript, es prácticamente lo mismo para cualquier otro elemento. creas el INPUT con createElement y agregas el INPUT al DIV (desde su referencia) con appendChild.
Código:
var elem = document.createElement("elemento");
div_reference.appendChild(elem);
@edit, o bien puedes usar innerHTML desde la referencia del DIV.
Código:
div_reference.innerHTML = "<element event='function_call();' attributes='...'>";
@isabel, disculpa por adelantarme.