La verdad es que después de tanto leer, ni entendí bien.
Eso que mencionas que no te pilla el include bien o que te sale objeto no encontrado se debe SÓLO a que no pones las rutas correctamente.
Supongo que lo que tienes en mente es una web modular con php. Que en dicho caso hay mucha información en internet.
En cuanto a lo de actualizar las páginas... ¿Te refieres a cambiar su contenido con BD?
Es que no entendí a que te refieres, pero para cambiar contenido o lo haces editando ficheros o con base de datos y ambas cosas se pueden hacer con php.
Creo que sería bueno que aprendieras un poco más o le dieras un ojo al manual, ya que si te lías con los path de los include... cuando tengas que "actualizar" como tú dices te vas a hacer un lío.
Saludos.